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咨询有关miRNA的生物信息学

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楼主

hzdlj

检验科

丁香园荣誉版主

1楼

这个帖子发布于11年零259天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

说来惭愧，深知生物信息学很重要，但是无奈学艺不精，很多简单问题都无法处理，故向各位站友请教以下问题。
为从miRNA的角度研究某种自身免疫性疾病的发病机制。前期工作通过芯片筛选，共找到了20个在Th17细胞中表达有改版的miRNA，并经过了PCR证实。通过Miranda和targetscan分别预测这20个miRNA的靶点。现在的问题是：
1，我只能预测这20个miRNA中哪些可以影响IL-17表达。但是个人觉得这点不够，因为有的miRNA虽然不是直接以IL-17为靶点，但是可以通过影响别的转录因子等，间接影响IL-17的表达，对此应该如何处理。
2，生物信息学在这方面还能提供什么信息？我的目的是想通过软件预测，确定一个或几个意义比较大的miRNA进行后续研究。
3，Miranda和targetscan的预测结果不太一致，targetscan预测出了3个，Miranda只预测出了一个，而且，没有一个miRNA是同时被两款软件预测出来的，这正常吗？

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2009-05-10 16:26 浏览 : 6570 回复 : 18

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• 惠州市中心人民医院试工有白嫖的嫌疑吗？

chenxijian

屏蔽用户

4楼

1，我只能预测这20个miRNA中哪些可以影响IL-17表达。但是个人觉得这点不够，因为有的miRNA虽然不是直接以IL-17为靶点，但是可以通过影响别的转录因子等，间接影响IL-17的表达，对此应该如何处理。

通过数据库，把IL-17所有的上下游基因全都拿到，然后取这上下游基因的上游基因，通过多次迭代，拿到可以对IL-17表达有直接、间接的基因，然后去看这些基因会不会被你这20个miRNA调控。

2，生物信息学在这方面还能提供什么信息？我的目的是想通过软件预测，确定一个或几个意义比较大的miRNA进行后续研究。

你现在如果仅仅只是用软件预测就想得到一个或者几个有意义的去做后续研究我觉得很难，我觉得倒是可以通过构建MicroRNA与靶基因的调控网络，从网络中筛选出关键节点的MicroRNA,和可能被调控的最多的靶基因。

2009-05-13 16:43

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• #医生的昵称有多好笑#这是你们热爱工作的表现吗？哈哈哈哈

其明生物信息技术

常驻站友

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5楼

转录因子与基因启动子区域的特异性结合是基因表达的重要调控方式。TF-Gene-Network通过大批量序列搜索，从10的7次方个蛋白质-DNA作用关系中发现目标基因群启动子区域的特异性转录因子，构建转录因子对基因表达的调控网络。TF-Gene-Network还结合网络分析技术，可通过定量化计算从目标基因群中分离出核心调控作用的转录因子，从而发现基因共表达调控的物质基础。
针对你所关注的问题可以通过楼上的朋友提供的方法解决
（通过数据库，把IL-17所有的上下游基因全都拿到，然后取这上下游基因的上游基因，通过多次迭代，拿到可以对IL-17表达有直接、间接的基因，然后去看这些基因会不会被你这20个miRNA调控。）
另外附件中有样图，哎，一做到300K一下就只能大概看一下样式了。