发帖
每发1个新帖
可以获得0.5个丁当奖励
回帖

【讨论】microRNA研究思路交流贴（如讨论具体试验技巧，请前往核酸基因版） [精华]

只看楼主
页码直达：
直达末页

楼主

zhujoker

丁香园荣誉版主

+1 积分
1楼

这个帖子发布于10年零68天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

=======================================

版主留言:

感谢zhujoker战友开辟此帖。但是个人的精力和能力毕竟是有限的，希望大家不要只顾提问题，等着他人来解答。
希望每个关注此帖的战友尽自己之所知，积极参与答复别人的问题，方不负楼主开此帖之良苦用心。本帖中，只要积极答复其他战友问题的，或者提出自己原创见解的，加分从优！

同时希望大家少讨论一些试验技术方面（如试剂、试验操作等等）的问题， 例如qipeng1225,onlove001,maomaolp1983这三个战友的问题不宜在此讨论，此类试验操作问题可以前往”核酸基因技术讨论版“交流。这里的帖子，希望多谈思路、理论。
实验操作和试剂购买之类的帖子，版主将自行删除，不予通知！

=========================================

本人是做miRNAs相关的，为了大家交流方便，特发此贴。其目的有下：
1.本人对miRNAs的研究很感兴趣，希望大家提出实验中的问题以完善自己的知识体系。
2.本着丁香园的丁香人秉承“我为人人，人人为我”的互助精神，我愿意把自己所知道的和了解到的最新研究进展和方向与大家一起分享。
3.给大家提供一个关于miRNAs研究的交流平台。

希望大家积极参与！

邀请讨论

搜索

2009-04-20 11:57 浏览 : 88711 回复 : 294

投票 25
收藏 431
打赏 5
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

freecell 编辑于 2009-09-05 06:02

• 猜猜“心里话”（第二十二波）

收起全部有料回复

drosophila406

入门站友

234楼

对zhujoker版主真的佩服啊，知识渊博呵呵

小弟以前做microRNA，发表一下自己的看法吧不过我做的是果蝇没做过更高等生物的
我们实验室主要是寻找影响果蝇神经系统发育的miRNA，当然最终目标是鉴定miRNA的target了啦
目前比较公认的是认为miRNA与靶基因的3‘UTR相互作用的，不过有5’UTR和CDS的报道
在确定miRNA后，先分析下表达谱，我们一般是qPCR，原位杂交，RPA（核酸酶保护实验，就是有点类似northern，但是比northern简单一点）接着就是通过生物信息学预测软件预测target，常用的就是miRBASE，Target scan，Pictar，当然我们果蝇还有一个专门的数据库，结合这几个预测的结果，做下初筛，然后再做芯片的检测
结合上面两个结果，选定一些，去做细胞水平筛选（体外筛选），用的是荧光双报告系统，就是海参荧光素酶和萤火虫荧光素酶，选择下降的靶基因继续下面的实验
体外的筛选和体内的实验是同时进行的，因为miRNA也是有编码基因的，我们一般是做过表和敲除一起做的，然后就是western检测靶基因的表达情况了
由于miRNA是一对多的关系，并且它本身的表达也是会受到调控的，所以网络比较复杂

说的比较大概，请大家多多提意见和问题

http://mirecords.biolead.org/ 这是一个数据库，希望对大家有用

2012-01-11 10:55

投票 3
收藏 4
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

• 丁香晚间病例-患者腹内盘「巨蟒」，这病我只在书里见过

楼主

zhujoker

丁香园荣誉版主

+1 积分
42楼

yfsq 个人认为如果你要验证其是不是你可以先构建一个miRNA表达质粒以及将你的靶基因3‘UTR连接到luciferase载体上，然后共转染检测一下其luciferase活性有没有影响，如果共转染luciferase活性下降，那么就又希望做下去。但是不是不是绝对的，因为细胞内本身就是一个非常复杂的环境，miRNA的作用也有不影响其mRNA表达而仅仅下调其蛋白质的合成的作用的。所以你构建的miRNA表达质粒需要转染到你的靶基因含量高的细胞里面，检测其蛋白水平是不是会下降，如果下降，那么就是最直接的证据了。
myskite pre-microRNA的引物有公司合成的吗？应该是有的，但是我是自己设计的，这个又不是很难的，就和普通PCR引物设计一样简单。我觉得有时候科研还是需要自己去尝试，因为不管怎么说，如果你走入了这一行，你不会总会留下点什么的，但是你会你不会觉察到什么不同。加入几年以后你成为了师兄或者是老师，你的师弟或者学生问你，我想你也不会说我当时是公司合成的吧。呵呵，又在胡说，只是想大家一定要知其然也知其所以然。

haibaofuwa 你好！我想就一些相关的microRNA进行簇分析，不知道该如何进行。
看有文献说用ProMIR,但是还是搞不定，请高人指点！先谢了！
高人谈不上，我开此贴就是为了大家能够知识互补，因为中国的交流水平赶不上国外，而有一些人甚至很自私的有东西不告诉大家。我想在科研精神上我们就差了人家一截，科研就如恋人，不要求回报，但是你得付出。对于你说的关于microRNA簇分析，但是我不清楚你到底要表达什么意思，是要将这个microRNA簇表达分析其功能呢，还是怎么回事啊？由于本人水平也比较有限，所以有可能的话说清楚点我可能会给你一点建议。给你一篇文献看看，可能对你有帮助的。A Hexanucleotide Element Directs MicroRNA Nuclear Import
Hun-Way Hwang, Erik A. Wentzel, and Joshua T. Mendell
Science 5 January 2007: 97-100.
你可以在http://www.bioon.com/biology/Class18/275640.shtml下载全文以及相应的中文解释。

2009-04-28 09:16

投票 3
收藏 5
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

• 肺部病例有结果

楼主

zhujoker

丁香园荣誉版主

热

36楼

yfsq “ (Link to show target islands and corresponding support) From offset 404 to 425 ”说明的是miRNA结合于你关注基因的第404到425位。
“Folding energy = -18.200001 Kcal/mol ”是说明miRNA种子序列和你的关注基因在404 to 425结合的能量，当然是负的越多越好，说明其结合非常稳定的，很可能能够真正的相互作用。
“5'<-- target -->3' ”这个代表的你的关注基因的第404到425位的序列，下面有括号的表示和miRNA的碱基互补。
5'<-- microRNA -->3' 这个代表的你miRNA的序列，下面有括号的表示和关注基因的第404到425位的序列碱基互补。

CAATCAAAATGGCTGTACTCCC
||| || || | |||||||
GTTTGTGGTAACAGTGTGAGGT这个就是它们最终相互作用结合的点，你的关注基因是从5‘到3’的，而miRNA则相反了。
希望现在你能够清楚了。

2009-04-26 12:29

投票 6
收藏 29
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

• 一根鱼刺、护士妹妹陪聊天都能发 SCI，你还担心没选题？

引用回复

细胞学与信号转导

【讨论】microRNA研究思路交流贴（如讨论具体试验技巧，请前往核酸基因版） [精华]

提示

丁香园旗下网站

关于丁香园

官方链接

细胞学与信号转导

分享到：

微信扫一扫

【讨论】microRNA研究思路交流贴（如讨论具体试验技巧，请前往核酸基因版） [精华]

微信扫一扫

微信扫一扫

微信扫一扫

微信扫一扫

提示

丁香园旗下网站

关于丁香园

官方链接