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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  医学遗传学
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【求助】关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑 [精华]

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这个帖子发布于10年零351天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我对一个基因，用haploview软件挑了几个tag SNPs,计划做疾病关联研究。我想知道当我的数据完成后，作单体型分析之前是否必须作LD分析呢？在园子里看到有兄弟认为这是必须做的。那么，我想知道：
（1）作LD分析时多大的D'和r2才合适呢？需要D'〉0.8吗？r2呢？具体要多大的值以上才可以进一步作单体型分析呢？
2）既然当初挑的是tag SNPs，从haploview给出的图上可以看到这些tag SNPs它们之间的r2都很低，所以才可以分别代表一些彼此关联不紧密的组，它们作为这些组的tag共同说明这个基因的特性（不知这个词用得是否恰当？）
那么，试验前就知道它们r2低，连锁关系不强，试验完成后那些数据作LD分析又会有多强的关联呢？那么，是否就不能分析单体型了呢？或者，不管他们之间的LD程度，直接用软件就分析了呢？
实在想弄清楚这个问题。
大家多发发言吧！
先谢了！
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2008-12-22 00:33 浏览 : 33403 回复 : 31
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houliping
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  • 8楼
说说我的看法，准确理解以下两个问题很重要：1). 为什么要挑选tagSNP？2).为什么要进行单体型分析？

第一个问题比较简单。一个基因上有很多个SNP位点，现有的技术不可能或者是没必要对所有的位点进行基因型分析，并且基因上位点间往往是有关联的，我们可以用一个位点（或多个位点的组合）代表另外的位点或单体型，所以我们可以挑选有代表性的位点来代表基因上其它的位点或人群中存在的常见单体型。所选的有代表性的位点就是所谓的tagSNP。haploview里的两种不同的挑选tagSNP的方法，一种是挑选可以代表人群中常见单体型的位点，另一种是挑选可以代表常见SNP位点的位点。

至于为什么要进行单体型分析，一个比较直观的理由是单体型是最基本的功能单位；另外从父代到子代，相邻位点也是以单体型为单位传递的(前提是位点间的LD很强)；当然，单体型分析在统计学上的作用主要是减少多个位点组合分析时的自由度，从而增加研究的效能。举个简单的例子：如果要分析四个二等位多态位点的组合和疾病的关系，理论上有16种不同的组合，但是因为这四个位点间不是独立的，在人群中可能只存在6种常见的单体型。如果四个位点间独立，也就是连锁平衡，那么人群中的单体型就会有16种，这时候做单体型分析是没有意义的。这也是为什么有的文章会强调进行单体型分析时最好以Block为基础。我个人的理解是如果单体型分析能增加研究的效能，就可以进行单体型分析。D‘和r2是两个位点间LD的评价指标，不能借此评价能否进行单体型分析。
2009-01-04 15:20
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我觉得单体型就是一种利用统计学上的方法来寻找某些与疾病有关的snp之间的关系，找出与疾病最相关的若干snp的组合方式，事实上可能这些snp并不具有连锁关系，但是它们在功能上都能够影响疾病，并且具有统计学上的交互作用，这样才能找到r2值最大的组合，并进一步研究这些snp所涉及的病理通路的关系，多层次多角度的来研究疾病本质。
至于要不要做LD分析，个人觉得目的在于发现紧密连锁的snp，从而在统计分析时从中选取一个tag snp就行了。因为如果两个snp紧密连锁，做单体型分析时他们对疾病的关系用其中一个就能代表了。
2008-12-23 00:21
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咋没有人理我呢？
太小儿科了，是吧？
我没有在论坛里查到该问题的答案，如果有那位仁兄知道，给个链接也行啊!
知道不知道的，确定不确定的答案，也给个吧！
请大家捧个场吧。
2008-12-22 16:57
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