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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  医学遗传学
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【求助】关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑 [精华]

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楼主 最真的爱国人
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这个帖子发布于12年零35天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我对一个基因，用haploview软件挑了几个tag SNPs,计划做疾病关联研究。我想知道当我的数据完成后，作单体型分析之前是否必须作LD分析呢？在园子里看到有兄弟认为这是必须做的。那么，我想知道：
（1）作LD分析时多大的D'和r2才合适呢？需要D'〉0.8吗？r2呢？具体要多大的值以上才可以进一步作单体型分析呢？
2）既然当初挑的是tag SNPs，从haploview给出的图上可以看到这些tag SNPs它们之间的r2都很低，所以才可以分别代表一些彼此关联不紧密的组，它们作为这些组的tag共同说明这个基因的特性（不知这个词用得是否恰当？）
那么，试验前就知道它们r2低，连锁关系不强，试验完成后那些数据作LD分析又会有多强的关联呢？那么，是否就不能分析单体型了呢？或者，不管他们之间的LD程度，直接用软件就分析了呢？
实在想弄清楚这个问题。
大家多发发言吧！
先谢了！
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2008-12-22 00:33 浏览 : 42592 回复 : 32
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楼主 最真的爱国人
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  • 2楼
咋没有人理我呢？
太小儿科了，是吧？
我没有在论坛里查到该问题的答案，如果有那位仁兄知道，给个链接也行啊!
知道不知道的，确定不确定的答案，也给个吧！
请大家捧个场吧。
2008-12-22 16:57
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zxyapple
zxyapple
神经科
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  • 3楼
说真的你这个问题的核心
就是怎么挑选tagsnp

这个其实是最难的，尤其是数据不够多的
人种和区域，我建议就是按常规的方法，只要
全覆盖一个区域就好了，不要苛求
2008-12-22 18:58
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楼主 最真的爱国人
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  • 4楼
谢谢zxyapple兄的回答！
继续请教：
1.只要全覆盖一个区域就好了".
您的"区域"意思是在haploview中-“analysis-define blocks" 定义出来的"block"吗？是否是指应该选一个"block"中标出的全部tagsnps?
2.如果是这样的话，我想问，“analysis-define blocks" 有4种定义方法：confidence intervals,four gamete rule,solid spine of LD,custom。应该选那种来定义呢？每种方法所定义出来的Block都是 不一样的呀。有的方法可能一个block 都没有(A)，也有的方法运行后会出现好几个block(B), 当然也有的方法一个基因就定义为一个block(C).
对于情况(B)，在多个Block 中选那一个block 中的tagsnps呢？如果只选了某个block中的tagsnps, 那么为什么要选它呢，有标准和理由吗？
当然这样选会有一个好处，那就是，因为他们来自于一个block,他们之间的D'和R2应该在数据完成后经得起LD的检验。是吧？
3.用haploview中-“analysis-define blocks" ，定义block,再选tagsnps,tagsnps会因block的定义方法不同而不同，而如果就用tagger运行的话，出来的tagsnps基本上是分成几组的。一组总会有一个Tagsnp出来.不管这个Tagsnp是代表几个SNP的一组,还是只代表一个SNP的一组.
但用tagger运行的话，出来的Tagsnps必然会有我最初提到的问题，即他们之间的R2会比较低，那么数据完成后做LD分析时，会否因为他们连锁不平衡关联较弱而不宜进一步分析其单体型？所以我想知道这个R2的标准。
真理总是越辩越明的，是不？
大家都来发发言吧！
2008-12-22 20:52
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