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蛋白质和糖学

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论坛首页  >  蛋白质和糖学技术讨论版   >  蛋白质组学
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【专题讨论】蛋白质组学研究工作该如何深入？ [精华]

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zhangjing0578
zhangjing0578
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  • 71楼
大家的学术讨论怎么变成吵架了，是不是离题太远了
2010-12-21 12:14
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gaobb
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  • 72楼
很久没有上DXY了。 看到大家的争论我有几点要和大家分享。我做蛋白质组和基因组数据处理,也作仪器和实验部分,希望对做蛋白质组同志们有所帮助.

1。首先蛋白质组和microarray一样都是研究的工具， 监测的到差异基因和蛋白有重叠，重叠部分95%变化方向是一致的。Illumina - BeadArray 技术可以检测到大概10k基因有显著意义的表达, LTQ orbitrap velos 可以检测4k左右唯一蛋白。 所以蛋白质组进步很大了。这是根据100多个beadarray data和几十个proteomics data的计算。蛋白质组检测不到的蛋白多是受体，离子通道，和转率因子。

2。 蛋白质组研究可以是研究的起点，找到有意义的蛋白作功能。这里有几个层次：
a. 单纯蛋白质组数据, 数据要全，分析全面，虽好技术新，发现蛋白多。或者与microarray数据整合.
b. WB或者RT-PCR验证部分差异蛋白， 但我的体会是，新的蛋白质组技术已经可以信服检测的差异蛋白的可信性。 对于相对老的技术还是需要验证，特别2D gel技术。
c. 细胞水平功能研究，可以过度表达或 siRNA抑制蛋白表达,或购买蛋白加到细胞培养液中看功能, 我们通常先看ERK.
d.动物水平.
我们的研究大部分到验证就停止了,功能研究还是很难的.

3。定量蛋白质组定量方法: 我以前一直用label free方法,也发表了这方面的方法学,但如果有条件,TMT, iTRAQ还是准确,可以发现20%的差异, label free可以发现1.5倍差异.

4.MRM (SRM) 技术:现在我热衷的技术,但前期生物信息处理是关键.使用仪器(QQQ)也不那么贵,很有前途.

5.我们基本不碰plasma蛋白质组找biomarker,很多大公司花大钱,大多失败,我建议没钱别碰它.
2010-12-22 11:28
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gaobb 编辑于 2011-02-05 11:59
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  • 73楼
我是一个菜鸟，看了发言学习了很多，想请教几位具体的问题啊

1.组学之后的差异蛋白，说的是，要么研究差异机制，要么研究功能作用，我想如果定量分析蛋白，和可能影响的性状，也量化，来做统计分析，筛选功能蛋白，不知道是否可行？可能不够彻底，不过毕竟太大，一个人做不完啊

2.我是想做不同肉质的差异，不知道国外都认可哪些量化大理石花纹的指标，

求各位大侠指教啊 ，（有同学说国外不认可咱们评定的大理石花纹等级）
2011-03-30 17:37
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  • 74楼
很多做基因芯片都通过这种方法找到了与出路相关性很强的通路。

因此，我一直在想一个问题：找到差异蛋白后，能不能画个网，观察一下差异蛋白之间的相互作用，以及这种相互作用与那些通路有关。
2011-04-11 14:17
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