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【专题讨论】蛋白质组学研究工作该如何深入？ [精华]

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楼主

常驻站友

1楼

这个帖子发布于12年零164天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

蛋白质组学发展到今天，单凭双向电泳和质谱已经很难发高层次的文章了，工作需要深入。然而如何深入，从哪方面深入，运用什么实验方法深入，相信这些是困扰着像我一样的新手们的难题。因此我真诚的邀请大家在这里畅所欲言，谈谈自己的高见。一个人的意见很可能会给其他战友重要的启示，毕竟这对我们来说是一个太重要的问题。

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2008-08-08 17:55 浏览 : 12842 回复 : 59

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solonye 编辑于 2008-08-09 08:56

• 博士第三年，遇到极大的困难，不知道该如何走下去

tiger22

丁香园准中级站友

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热

2楼

2-D电泳找出差异点，质谱鉴定蛋白，皆针对结果而言。从蛋白质组反推到基因组，找出事物发生的原因应该是面临的主要工作，但现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组，再加上中间又多个表观遗传，所以经常是2头下衔接不上。
如肿瘤，大家知道，皆由突变引起。如果用蛋白质组学方法发现差异点，无外乎要么上调，要么下调，要么丢失，要么多一个或多几个。接下来就要检测RNA水平，那么QRT-PCR就要用上了。如果RNA和蛋白不一致，这就变成个很麻烦的事情。如果一致，那么再找DNA。如果RNA 与DNA不一致，还要分析更多原因。如：NMD以及表观遗传，诸如什么CpG island甲基化，5'UTR和3'UTR等非编码区的突变等等。当然还有蛋白之间和蛋白与DNA间相互作用的问题，这个就更复杂。比如你查到蛋白A的水平有变化，其实是由蛋白B的突变而导致的。还有更多的复杂机制。
反之，基因组学研究经常使用LoH，CGH, FISH等方法来找出差异的等位基因来分析肿瘤的诱因。
总之，我觉得蛋白质组要想发好文章，还是要回到基因水平上来阐明机制和机理。
个人愚见，水平有限。

2008-08-09 02:35