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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  数据分析
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【求助】连锁不平衡分析 [精华]

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楼主 xxshc
xxshc
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这个帖子发布于11年零168天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。
148 controls & 100 cases observed
-------------------------------------
-------------------------------------
Linkage Disequilibrium tests

D': Site2
Site1  0.738


r2: Site2
Site1  0.529

-------------------------------------
但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？
可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。

我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。
148 controls & 100 cases observed
-------------------------------------
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Linkage Disequilibrium tests

D': Site2
Site1 0.738


r2: Site2
Site1 0.529

-------------------------------------
但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？
可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。
最近几年来，分子遗传标记很热！所以其分析一直是很多人关心的问题！
查看了很多国内文献，错误很多！
园子里的相关问题也很多！
所以开此贴方便大家谈论，学习！
希望高手留下宝贵经验！希望初学者也把自己心得体会留下！
liyi3344520
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2008-06-22 14:10 浏览 : 42540 回复 : 33
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liyi3344520 编辑于 2008-09-28 10:15
  • • 丁香热议——谈恋爱遇见住院总：短信不回，电话不接，还以为ta出轨了！

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liyi3344520
liyi3344520
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提问题之前，请查阅此贴！
1.遗传统计学大讨论 [精华]
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=185&id=11477242&sty=1&tpg=1&age=0
2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/3111409_1.html
3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1089297_1.html
4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性
http://www.dxy.cn/bbs/thread/11926550
5.我们为什么要研究"连锁不平衡"
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=38&id=2019850&sty=3&keywords=%C1%AC%CB%F8%B2%BB%C6%BD%BA%E2
6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2288267_1.html
7.SNP连锁不平衡计算讨论帖
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/3340273_1.html
8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/568190_1.html
9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2467745_1.html
10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1988637_1.html
11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾?
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2496008_1.html
12.菜鸟请教连锁不平衡
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2984524_1.html
13.求助：连锁不平衡结果分析！！！
http://www.dxy.cn/bbs/thread/8860947
14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果
http://www.dxy.cn/bbs/thread/11231240
15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？
http://www.dxy.cn/bbs/thread/9239186
16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
http://www.dxy.cn/bbs/thread/11966267
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/3408577_1.html
18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/7838939_1.html
2008-09-28 10:15
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loisice
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  • 7楼
人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。
连锁不平衡分析的群体遗传学基础
连锁不平衡的含义
连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。
产生和破坏连锁不平衡的因素
基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
2008-09-25 22:17
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这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平

另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析
2008-06-23 08:19
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