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形态与遗传

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【求助】连锁不平衡分析 [精华]

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楼主 xxshc
xxshc
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这个帖子发布于12年零362天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。
148 controls & 100 cases observed
-------------------------------------
-------------------------------------
Linkage Disequilibrium tests

D': Site2
Site1  0.738


r2: Site2
Site1  0.529

-------------------------------------
但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？
可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。

我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。
148 controls & 100 cases observed
-------------------------------------
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Linkage Disequilibrium tests

D': Site2
Site1 0.738


r2: Site2
Site1 0.529

-------------------------------------
但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？
可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。
最近几年来，分子遗传标记很热！所以其分析一直是很多人关心的问题！
查看了很多国内文献，错误很多！
园子里的相关问题也很多！
所以开此贴方便大家谈论，学习！
希望高手留下宝贵经验！希望初学者也把自己心得体会留下！
liyi3344520
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2008-06-22 14:10 浏览 : 54385 回复 : 35
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liyi3344520 编辑于 2008-09-28 10:15
  • • 疫情肆虐下的欧洲杯赛突现晕厥惊险一幕，关注运动员心脏病，谈谈运动与猝死
bioyoung
bioyoung
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这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平

另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析
2008-06-23 08:19
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楼主 xxshc
xxshc
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bioyoung
这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平

另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析


看不懂！因为是初次接触这方面的东西。能麻烦您讲得细点可以吗？另外，象这样的属于连锁不平衡吗？
2008-06-23 10:53
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maxon
maxon
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不算LD
2008-06-24 11:44
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