发帖
每发1个新帖
可以获得0.5个丁当奖励
回帖

基于pubmed的检索网站---gopubmed.com(抛砖引玉) [精华]

只看楼主
页码直达：
直达末页

楼主

hilygogo

骨科

丁香园荣誉版主

+4 积分
1楼

这个帖子发布于12年零17天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

看了一下检索版,好象没有涉及本网站http://www.gopubmed.com
(第一眼看到此网站我并没有什么感觉,只是认为它也只不过套用了pubmed而已,gopubmed去pubmed嘛!有什么时候了不起.我还不如直接去pubmed呢/!:D)
可是一看才知道自己误解了它.Go并不是简单的去的意思,GO原来有点像MeSH的作用,哈哈:D才知自己知识浅薄啊.

今天迫不及待的拿出来和大家分享.

特开一帖,旨在抛砖引玉,把园子里潜水的:P引出来,发掘一下这网站的功能.

1.网站的自我介绍

它是基于pubmed的MeSH+Gene Ontology
Gene Ontology是什么呢?下面是这网站的官方解释http://wiki.geneontology.org/index.php/Main_Page
What is GO?
The Gene Ontology (GO) project is a collaborative effort to address the need for consistent descriptions of gene products in different databases. The GO collaborators are developing three structured, controlled vocabularies (ontologies) that describe gene products in terms of their associated biological processes, cellular components and molecular functions in a species-independent manner. There are three separate aspects to this effort: first, we write and maintain the ontologies themselves; second, we make cross-links between the ontologies and the genes and gene products in the collaborating databases, and third, we develop tools that facilitate the creation, maintainence and use of ontologies.

The use of GO terms by several collaborating databases facilitates uniform queries across them. The controlled vocabularies are structured so that you can query them at different levels: for example, you can use GO to find all the gene products in the mouse genome that are involved in signal transduction, or you can zoom in on all the receptor tyrosine kinases. This structure also allows annotators to assign properties to gene products at different levels, depending on how much is known about a gene product.
再来看看这个好象有点明白了.
什么是Gene Ontology?

在各物种基因体序列(genomic sequence)相继解码之后，经生物资讯学家的注解发现，有大部分的基因在不同真核生物(eukaryotes)是拥有共同的主要生物功能(biological functions)。透过在某物种上所获得到基因或蛋白质(shared proteins)的生物学知识，可以用来解释在其它物种所对应到基因或蛋白质，此研究可应用在比较基因体学(compared genomics)发展上。因此有一个Gene Ontology Consortium组织为了解决这样问题，而建立了一套具有动态(dynamic)形式的控制字汇(controlled vocabulary)，来解释真核生物的基因或蛋白质在细胞内所扮演的角色及生医学方面的知识，同时这些字汇随着生命科学研究的进步，一直不断的累积与改变。一个本体(ontology)会被一个控制字汇(controlled vocabulary)来描述并给予统一的名称，直到目前为止，在Gene Ontology下有三大独立的本体被建立∶biological process, molecular function及cellular component。
Gene ontology除了在生物词汇上有所标准定义外(他们一直强调这不是唯一的标准，也不规定每一个研究者一定要遵循这套控制字汇系统)，所谓动态(dynamic)形式的结构(structure)能够利用DAGs(Directed Acyclic Graphs)的网状关连(network)将每一个本体之间串接起来，然后再以树状分层(hierarchical tree)来呈现这些本体间的关系(如下图)。从另外角度来看，其实这样就是一个整合性的分类系统，一个基因或蛋白质可从三个层面来注解，首先是构成在细胞内的特定组件(cellular component)，其次是此组件在分子功能上所扮演的角色(molecular function)，最后生物学家一定想知道这基因或蛋白质到底参与哪些生物过程(biological process)，因此有一群科学家(Gene ontology curator)试着收集各真核生物(如SGD, MGI, FlyBase,..)的基因或蛋白质，利用已知的文献资料及序列比较资讯为基础，将所有的真核生物的基因或蛋白质都基于在此系统(Gene ontology)下作注解(annotation)与分类(classification)。

资料提供∶国立阳明大学
再看下面

邀请讨论

搜索

2008-01-07 22:31 浏览 : 61057 回复 : 123

投票 19
收藏 383
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

url 编辑于 2008-02-06 11:15

• 15 名医务工作者确认感染！境内确认 217 例，新增死亡 1 例

收起全部有料回复

善己身

丁香园准中级站友

32楼

hilygogo
关于gopubmed 的重新排序.一点疑问.
在检索框中都输入rhBMP-2,两者检出篇数一致(均为661篇).
但是还是有点疑问,pubmed中第1位置出现的在gopubmed却说它在pubmed中是第2篇?!它标记说在pubmed中第1位置出现的在pubmed中却是第10篇?!
pubmed的排序是按时间先后顺序,最新的排在最前面,但为何gopubmed却把这搞错了呢?

对于这个问题，最初我也发现这个问题，但没有好好想想（其实是懒:)），看到你提出这个问题，我对比了一下，这个问题的答案应该是这样的：按照你的关键词进行了检索，发现gopubmed是严格按照pubmed上的日期来进行检索的，导致文献在gopubmed与pubmed中不同位置的原因不是gopubmed，而是pubmed，因为pubmed虽按照日期来进行排序，但是并不是按照出版日期，而是按照publishers提交论文的时间来进行排序的，这造成了一个时间差（Epub ahead of print），因而导致了彼此排序的差异，如下图所示

上面两图中左图为在pubmed中的检索结果（甚至pubmed检索时第二页中都有08年出版的，然而第一页中大多都是07年的），右图为严格按照日期排序应该在pubmed中如此显示，但实际情况并非如此，pubmed只是按照出版商提交的日期进行排序，而gopubmed却是严格按日期来显示，因而造成gopubmed那张图所示顺序，与上面右图的顺序是一致的，这里只是给出了3篇文献，其他类同，都是如此。

因而不是gopubmed将其搞错，而是两者所遵循的标准不同，导致了排序出现的误差，但是检索出来的文献是一致的

end.jpg(102.53k)

2008-01-12 20:19

投票 5
收藏 3
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

善己身编辑于 2008-01-12 21:06

• 新型冠状病毒感染的肺炎疫情专题汇总贴

Travery

常驻站友

热

72楼

免费文献查询网址

http://www.freemedicaljournals.com

http://www.biomedcentral.com

http://www.doaj.org

http://www.findarticles.com

http://highwire.stanford.edu

http://pubmedcentral.nih.gov

Internet上与医学有关的内容很多，并且更新的速度很快，几天
不上网，内容已经大变样，要记住众多与医学有关的网址，既不可能，
也没有必要。查找医学信息最有效的方法是利用医学网络搜寻器进行
检索。一般医学网络搜寻器均收集了与医学有关的内容，通过它查找
有关的医学信息，既快捷又方便。较著名的医学网络搜寻器有：
（1） Medical Matrix
　网址：http://www.medmatrix.org/index.asp
　　Medical Matrix的使用方法与其它Internet信息检索工具的使用
方法基本相同，有分类检索和关键词检索两种检索方式。它的特点是
提供免费Mailing Lists,只要订阅了它的Mailing Lists,即可定期收
到网上新增医学节点的通知。
　（2） HealthAtoZ
网址：http://www.healthatoz.com/
　HealthAtoZ 是一个功能强大的Internet医学信息资源搜寻器。它
能对与医学有关的信息进行准确、有效地搜寻。它所收集的信息均经
过医学专业人员的人工编排，以保证搜寻的准确性及方便性。所收集
的内容每周均进行更新。可按分类及关键词的方式进行检索。
（3）MedExplorer
网址：http://www.medexplorer.com/m－publi.htm
　检索方法与其它网络搜寻器的方法基本相同，主要提供有关医学新
闻及杂志的信息。

网络虚拟环境的应用
　　虚拟的网络环境为现代医学的医疗及教学提供极大的方便。远程
教学与虚拟图书馆是在Internet上出现的一种新型教学培训及资料查
询方式, 受到各界人士，尤其是教育界及科技界的欢迎, 它不但节省
大量的人力物力,而且教学资料翔实, 课程内容丰富，教学手段新颖。
很多的医学数据库充分发挥Internet优势, 以多媒体方式提供在线医
学继续教育服务及资料查询, 对医师的进修提高及科研工作的开展提
供了极大的方便。
　（1）美国衣阿华州医科大学虚拟医院
　网址：http://www.vh.org/
　它可以通过网络24小时不间断地提供各种医疗信息、资料, 并解答
用户提出的各种问题, 同时向实习医师和护士提供远程学习的机会。在
此可查询有关癌症、肺病、卫生保健、儿科、妇科、神经科、骨科、放
射科等方面详细资料。
　（2）多媒体虚拟医学图书馆
　网址： http://www.tiac.net/users/jtward/
　可以键入关键词的方式查找资料，查找结果以目录方式返回, 在需
要的目录下点按鼠标, 即可得到相应目录的详细资料。它不但提供文字
信息，还提供医学图片及动画等多媒体信息，较传统的图书查找方法更
为简洁、迅速、有效。
　（3）虚拟医学会议
网址：http://www.web－xpress.com/athens/intern.html
　利用Internet的虚拟环境，在网络上召开医学学术交流会，既能节
省大量的人力物力，又能达到很好的交流效果。该网址主要介绍拟在
Internet上召开的医学学术交流会及时间。

2008-05-08 00:07

投票 4
收藏 16
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

• 人传人，14名医务人员感染

楼主

hilygogo

骨科

丁香园荣誉版主

7楼

先说这些.:)
其实我觉得还有好多东西值得去深究.

1.它与pubmed有何区别?有什么地方可以弥补pubmed的不足之处?各有什么优缺点?
2.GO与MeSH有什么区别?GO是什么?GO目前的发展状况以及它主要是在那些方面应用?
3.它有的地方是否可以替代SCI的Web of Science的一些功能呢?比如它的Show statistics 的功能.它的某些功能可以让我们非常快速地了解某一方面的状况\进展.
4.还有它的goweb功能,与google的scholar是否有些相似呢?
5.网上是否还有类似的优秀的网站呢?

一点浅见(第一次在检索版开贴及贴图,有些图残不忍睹）,欢迎url版主指点.:D
认真的看过url版主好多贴子,分析的往往简练而且精辟.
期待中^^

找到一篇文献资料．《自然科学进展》第１６卷!　第７期２００６年７月基于语义路径覆盖的Gene Ontology 术语间语义相似性度量方法（有点难，看得有些不明不白了）

916.pdf(230.76k)

2008-01-08 11:45

投票 3
收藏 6
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

hilygogo 编辑于 2008-01-08 12:43

• 【最新更新】警方通报朝阳医院发生医生和医护人员后脑勺、胳膊被砍！

检索知识

基于pubmed的检索网站---gopubmed.com(抛砖引玉) [精华]

提示

丁香园旗下网站

关于丁香园

官方链接

检索知识

分享到：

微信扫一扫

基于pubmed的检索网站---gopubmed.com(抛砖引玉) [精华]

微信扫一扫

微信扫一扫

微信扫一扫

微信扫一扫

提示

丁香园旗下网站

关于丁香园

官方链接