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基于pubmed的检索网站---gopubmed.com(抛砖引玉) [精华]

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楼主

hilygogo

骨科

丁香园荣誉版主

+4 积分
1楼

这个帖子发布于13年零20天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

看了一下检索版,好象没有涉及本网站http://www.gopubmed.com
(第一眼看到此网站我并没有什么感觉,只是认为它也只不过套用了pubmed而已,gopubmed去pubmed嘛!有什么时候了不起.我还不如直接去pubmed呢/!:D)
可是一看才知道自己误解了它.Go并不是简单的去的意思,GO原来有点像MeSH的作用,哈哈:D才知自己知识浅薄啊.

今天迫不及待的拿出来和大家分享.

特开一帖,旨在抛砖引玉,把园子里潜水的:P引出来,发掘一下这网站的功能.

1.网站的自我介绍

它是基于pubmed的MeSH+Gene Ontology
Gene Ontology是什么呢?下面是这网站的官方解释http://wiki.geneontology.org/index.php/Main_Page
What is GO?
The Gene Ontology (GO) project is a collaborative effort to address the need for consistent descriptions of gene products in different databases. The GO collaborators are developing three structured, controlled vocabularies (ontologies) that describe gene products in terms of their associated biological processes, cellular components and molecular functions in a species-independent manner. There are three separate aspects to this effort: first, we write and maintain the ontologies themselves; second, we make cross-links between the ontologies and the genes and gene products in the collaborating databases, and third, we develop tools that facilitate the creation, maintainence and use of ontologies.

The use of GO terms by several collaborating databases facilitates uniform queries across them. The controlled vocabularies are structured so that you can query them at different levels: for example, you can use GO to find all the gene products in the mouse genome that are involved in signal transduction, or you can zoom in on all the receptor tyrosine kinases. This structure also allows annotators to assign properties to gene products at different levels, depending on how much is known about a gene product.
再来看看这个好象有点明白了.
什么是Gene Ontology?

在各物种基因体序列(genomic sequence)相继解码之后，经生物资讯学家的注解发现，有大部分的基因在不同真核生物(eukaryotes)是拥有共同的主要生物功能(biological functions)。透过在某物种上所获得到基因或蛋白质(shared proteins)的生物学知识，可以用来解释在其它物种所对应到基因或蛋白质，此研究可应用在比较基因体学(compared genomics)发展上。因此有一个Gene Ontology Consortium组织为了解决这样问题，而建立了一套具有动态(dynamic)形式的控制字汇(controlled vocabulary)，来解释真核生物的基因或蛋白质在细胞内所扮演的角色及生医学方面的知识，同时这些字汇随着生命科学研究的进步，一直不断的累积与改变。一个本体(ontology)会被一个控制字汇(controlled vocabulary)来描述并给予统一的名称，直到目前为止，在Gene Ontology下有三大独立的本体被建立∶biological process, molecular function及cellular component。
Gene ontology除了在生物词汇上有所标准定义外(他们一直强调这不是唯一的标准，也不规定每一个研究者一定要遵循这套控制字汇系统)，所谓动态(dynamic)形式的结构(structure)能够利用DAGs(Directed Acyclic Graphs)的网状关连(network)将每一个本体之间串接起来，然后再以树状分层(hierarchical tree)来呈现这些本体间的关系(如下图)。从另外角度来看，其实这样就是一个整合性的分类系统，一个基因或蛋白质可从三个层面来注解，首先是构成在细胞内的特定组件(cellular component)，其次是此组件在分子功能上所扮演的角色(molecular function)，最后生物学家一定想知道这基因或蛋白质到底参与哪些生物过程(biological process)，因此有一群科学家(Gene ontology curator)试着收集各真核生物(如SGD, MGI, FlyBase,..)的基因或蛋白质，利用已知的文献资料及序列比较资讯为基础，将所有的真核生物的基因或蛋白质都基于在此系统(Gene ontology)下作注解(annotation)与分类(classification)。

资料提供∶国立阳明大学
再看下面

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2008-01-07 22:31 浏览 : 73238 回复 : 123

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url 编辑于 2008-02-06 11:15

• （原创）血钠183mmol/L的老年人急救处理？

楼主

hilygogo

骨科

丁香园荣誉版主

2楼

到底与pubmed 相比有那些特色或者说优点呢?
下面就用它检索一下.
实战一下.
检索一下BMP(骨形态发生蛋白)
在最上方的框框中输入BMP,点击一下find it

1.看看从pubmed 共找到5932篇文献.不过目前这网站只限于1000篇文献.(在它的高级检索功能里面最多可以到10000篇.)
2.我们还可以看到最左边一列what who where when 这个就是它独有的特色功能了.
3.我们还可以看到框框下面有一行字Show statistics for these 1,000 articles这个也是它独有的功能.
4.每篇文献前面都有一个篇号,比如这里是第17篇出现在首要位置.17是在pubmed上检索出现的位置,在这里它根据文章的相关性,把它排到了第1位.

2008-01-07 23:59