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R ReadAffy()读入CEL文件老是报错，请教

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楼主 致命诱惑
致命诱惑
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这个帖子发布于13年零60天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
> data1<- ReadAffy()
R ReadAffy()读入CEL文件老是报错，Affymetrix的表达谱芯片的CEL文件。报告如下，请
高手指点。

Error in function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function "classVersion<-", for signature "AffyBatch", "VersionsNull"
In addition: Warning messages:
1: read.phenoData is deprecated, use read.AnnotatedDataFrame instead
2: The phenoData class is deprecated, use AnnotatedDataFrame (with ExpressionSet) instead
3: The exprSet class is deprecated, use ExpressionSet instead
4: The exprSet class is deprecated, use ExpressionSet instead
5: The exprSet class is deprecated, use ExpressionSet instead
6: The exprSet class is deprecated, use ExpressionSet instead
7: The exprSet class is deprecated, use ExpressionSet instead
8: The exprSet class is deprecated, use ExpressionSet instead
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2007-11-26 22:50 浏览 : 7219 回复 : 3
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latex
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是不是没有安装CDF文件包呢？还有看看Affy的各个依赖包是不是兼容的
2007-11-27 22:31
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楼主 致命诱惑
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latex
是不是没有安装CDF文件包呢？还有看看Affy的各个依赖包是不是兼容的

谢谢您的回答，还是有点不清楚。

安装CDF文件包是指下载芯片的CDF文件放到同一目录下吗？兼容是指各个package的版本不兼容？
2007-11-28 11:18
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Rman
Rman
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可能是不同包之间出现了版本兼容问题, 导致了函数\类"继承函数出错.

1: 函数"read.phenoData"(老) , read.AnnotatedDataFrame (新)
2: 类 phenoData (老), AnnotatedDataFrame (with ExpressionSet) (新)
3: 类 exprSet class (老) ExpressionSet (新)

建议查找一下工作环境的要求, 可以查找一下以上函数和类所在的包的版本.
建议升级所有调用的包.
2007-11-28 14:24
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