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搞笑的Cell paper

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楼主 lylover
lylover
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这个帖子发布于13年零158天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
来爆个料。

Linding R, Jensen LJ, Ostheimer GJ, van Vugt MA, Jørgensen C, Miron IM, Diella F, Colwill K, Taylor L, Elder K, Metalnikov P, Nguyen V, Pasculescu A, Jin J, Park JG, Samson LD, Woodgett JR, Russell RB, Bork P, Yaffe MB, Pawson T. Systematic discovery of in vivo phosphorylation networks. Cell. 2007 Jun 29;129(7):1415-26.

这篇文章是做磷酸化网络构建的,Cell杂志六月份的封面文章,这篇文章发表之后很轰动,nature, science的刊物马上就开始发表评论如下:

1. Adler, E.M. (2007). NetworKIN Depends on What You Do, Where You Are, and Who You Know. Sci STKE 393, tw231.
2. Kritikou, E. (2007). Cell signalling: The power of NetworKIN. Nature Reviews Molecular Cell Biology 8, 598-599.
3. Rusk, N. (2007). NetworKIN in context—casting a net for kinases. Nature Methods 4, 604-605.

很了不起,是吧?我还是头一回看见Cell, science和nature同时热捧一篇文章。因为大家都做翻译后修饰,我随手翻了一下他的数据,该文的补充表格2。因为他说的是构建“人的磷酸化网络”,而且7143个人的位点云云。不看不要紧,一看吓一跳,我统计了一下这篇文章补充材料里面数据的物种来源,结果如下:

Linding et al., 2007  Protein  Site
H.sapiens  1395  4869
M.musculus  461  1562
R.norvegicus  83  291
B.taurus  38  120
G.gallus  27  107
S.cerevisiae  11  27
Others  60  167
All  2075  7143
Non-human  680  2274
Per. of errors  32.8%  31.8%

闹了半天,大约31%的数据是错的,晕死。这不误导群众吗?并且,他这个7143是这篇文章所有分析的基础,大家都知道,做生物信息,如果数据集搞错了,那么得到的结果自然也就...

不知道cell的editor在搞什么,也不知道审稿人都在审什么稿,也不知道nature,science怎么这么有远见。不过还是很佩服老外,你瞧瞧,随便胡做个东西,都能上cell,我实在佩服得一蹋糊涂了。
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2007-09-30 11:41 浏览 : 1873 回复 : 8
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clayluo
clayluo
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关键在idea!
2007-09-30 11:56
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bioinfo_cn
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这里的Per. of errors什么意思?是数据集的错误率吗?这有什么大惊小怪的,生物信息学所处理的数据都存在很大的假阳性和假阴性。这种高档次的论文大都是在炒作概念。如楼上所说,
clayluo wrote:
关键在idea!
2007-09-30 13:54
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nep2004
nep2004
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  • 4楼
这个学期在教课么?

lylover wrote:
来爆个料。

Linding R, Jensen LJ, Ostheimer GJ, van Vugt MA, Jørgensen C, Miron IM, Diella F, Colwill K, Taylor L, Elder K, Metalnikov P, Nguyen V, Pasculescu A, Jin J, Park JG, Samson LD, Woodgett JR, Russell RB, Bork P, Yaffe MB, Pawson T. Systematic discovery of in vivo phosphorylation networks. Cell. 2007 Jun 29;129(7):1415-26.

这篇文章是做磷酸化网络构建的,Cell杂志六月份的封面文章,这篇文章发表之后很轰动,nature, science的刊物马上就开始发表评论如下:

1. Adler, E.M. (2007). NetworKIN Depends on What You Do, Where You Are, and Who You Know. Sci STKE 393, tw231.
2. Kritikou, E. (2007). Cell signalling: The power of NetworKIN. Nature Reviews Molecular Cell Biology 8, 598-599.
3. Rusk, N. (2007). NetworKIN in context—casting a net for kinases. Nature Methods 4, 604-605.

很了不起,是吧?我还是头一回看见Cell, science和nature同时热捧一篇文章。因为大家都做翻译后修饰,我随手翻了一下他的数据,该文的补充表格2。因为他说的是构建“人的磷酸化网络”,而且7143个人的位点云云。不看不要紧,一看吓一跳,我统计了一下这篇文章补充材料里面数据的物种来源,结果如下:

Linding et al., 2007  Protein  Site
H.sapiens  1395  4869
M.musculus  461  1562
R.norvegicus  83  291
B.taurus  38  120
G.gallus  27  107
S.cerevisiae  11  27
Others  60  167
All  2075  7143
Non-human  680  2274
Per. of errors  32.8%  31.8%

闹了半天,大约31%的数据是错的,晕死。这不误导群众吗?并且,他这个7143是这篇文章所有分析的基础,大家都知道,做生物信息,如果数据集搞错了,那么得到的结果自然也就...

不知道cell的editor在搞什么,也不知道审稿人都在审什么稿,也不知道nature,science怎么这么有远见。不过还是很佩服老外,你瞧瞧,随便胡做个东西,都能上cell,我实在佩服得一蹋糊涂了。
2007-09-30 14:10
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