【求助】请高手看看我的质粒出现了什么问题？

我要使用一种大肠杆菌和枯草杆菌之间的shuttle vector :pHY300PLK 4870bp，在质粒上设计了一对primer，用商品的质粒 作为模板作PCR，可以得到理论尺寸的产物，但是，当使用在大肠杆菌JM109里扩增的质粒（4870bp）作为模板时，得不到PCR产物，
请问各位高手：1. 是质粒发生了突变？2.质粒提纯时出现问题？我用的QIAGEN标准的Midi提纯kit .
请各位给点意见！急！