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【原创】手把手教你使用Imagepro-Plus(12.免疫组化图片光密度测量续) [精华]

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hbchendl

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1楼

这个帖子发布于14年零166天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

自从写了imagepro plus教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来，得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来，发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把Media Cybnetics公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手，给了我很多指导，也教了我许多妙招。

无论是经常使用IPP还是第一次使用，如果需要分析测量一大批图片的话，都免不了要花费大量时间。为了省时省力，最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序，macro。
Media Cybnetics公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度，也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法，于是他们给大家编制了一个macro，专门用来方便地进行免疫组化图片的分析，这可是专业水平的macro，真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本，使用这个macro分析上百张免疫组化图片，不到一个小时就能全部搞定。好东西要大家分享，再写一篇“手把手教你使用IPP"。
前一个用于ipp5.X，后一个用于ipp6.0版本。
http://www.mediacy.com.cn/cn/index/index.asp
(待续)

Pathology.scr(27.26k)

Pathology6@11-13.rar(7.15k)

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2006-10-31 10:28 浏览 : 132998 回复 : 313

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hbchendl 编辑于 2011-10-23 15:55

• 2021【儿科】中级考试集结地，欢迎讨论你的考后感受！

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hbchendl

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2楼

当然，如果你对IPP一点也不了解，是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。 http://www.dxy.cn/bbs/thread/7654316 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子（包括后面的跟帖）http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=5923479&sty=1 。这个macro基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
下载了这个macro后，首先用记事本打开这个文件，在第三十几行上找到这句话：
Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe")
然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。如果你安装的是officeXP,则能找到这个excel.exe文件。不同版本的office，其excel.exe文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上找到excel.exe文件所在的路径，然后在记事本里修改这句命令，使它能正确地指到excel.exe文件。
一般office2000的系统要把这句话改为
Shell("c:\program files\microsoft office\office\excel.exe")
office2003的系统要把这句话改为
Shell("c:\program files\microsoft office\office11\excel.exe")
改完后直接在记事本里点保存。
把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的scripts目录里。
启动IPP程序，点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。
这个macro就安装好了。

2006-10-31 10:55

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hbchendl 编辑于 2007-01-14 08:24

• 主治303考试考后讨论

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hbchendl

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3楼

再次点macro菜单，就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令：pathology和filloutside。点击pathology来运行这个宏。

测量免疫组化图片光密度，实际上测量的就是一个平均光密度mean density。这就需要先测量一下有效测量区域的面积，再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。两者相除得到mean density。
作为一个特例，如果测量区域就是整张图片，可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。
以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据图片情况有三种选择：
1.测量整张图片黄色的IOD，除以整张图片面积。
2.测量整张图片黄色的IOD，除以红线框住区域的面积。（这是扣除空白区域）
3.测量蓝线所框区域的黄色IOD，除以蓝线框住区域的面积。（这是计算特定组织区域的染色平均光密度）
在许多情况下，都需要选择测量区域，作为特例，在测量区域充满整个画面时不需要考虑测量区域。
需要指出的是，使用IPP的count/size测量IOD及area时，测量出的面积area是选定的黄色染色区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色区域的平均光密度”。
所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干：
1.画出测量区域
2.选择特定染色物的颜色。

2006-10-31 11:36

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hbchendl

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4楼

从手把手教你使用IPP第十一帖中可以知道，在测量时需要校正光密度、设置count/size以及segmentation。这里也需要作这些事情的。可以在IPP里事先把这些设置好，并把设置文件保存到指定的文件夹中（别乱放，建议与待测量的图片保存在一起）。也可以在运行macro过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。
点macro菜单下的pathology。调出macro界面。
再打开一张典型的待测量图片，应用single measure调试测量参数。方法是：
1.在image setting中选择measure active image
2.在measurement envirement setting中点OD calibration按纽，在弹出的光密度较正窗口中作好光密度较正，保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的continue按纽返回。
3.选中manually select color range与user define area。
点single measure开始测量。

2006-10-31 14:59

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