请教大家一个问题：我对找到的一个GEO芯片进行数据分析后得到的差异结果和作者2013年发表的一篇中文文章结果完全不一致，按道理说2013年到现在应该有很多数据都已经更新了，况且我是运用的在线数据和R语言进行的分析，我更加相信自己分析后的结果，大家有没有遇到同样的问题呢，一般应该如何处理呢？
谢谢大家
不知道邀请谁？试试他们
水共四夕我也经常遇到，但是其实你也不知道作者用的是哪种方法（即便他用的是r语言），毕竟r语言也有多种算法来获取差异基因。算法不一样，最终结果肯定也不一样。
我想你可能需要补充很多生信知识了。如果你不了解背后的知识，那么，审稿人问你为啥不用其他R包去计算，其他R包似乎表现更好。请问你如何回答？
毕竟，做生信：
1、「知其然」。学会模仿别人代码去做生信，这只是第一步。
2、「知其所以然」。别人代码中的算法是否合理，你要自己有数的。
我一直不理解，为什么提问的题干一点信息量都没有。比如，
1、GSE号？——这有助于别人去核实该数据的发表文献、检测平台、数据分析流程。
2、你提及的文献原文？——不看到文献，没法直接评价文献的好坏吧。
3、你用的方法？——在线工具我随口就能给你说5个，各有优劣。难道你用的是哪个，不正是你问题的焦点吗。
4、「应该有更新」？——科研没有「应该」。有就是有，给证据吧。你没看到DAVID即使那么火，在2016年后就不更新了吗。
建议：
1、补齐上述信息。这是为了你的问题能被回答，而不会暴露你任何信息。
2、去看看你说的「在线工具和R语言」的原文献。弄明白你的算法，和你说的「中文文章」有啥不一样，优势在哪里。
