circMir 1.0 预测环状RNA结合miRNA的软件
circMir 1.0软件使用说明
图1
1、采用的预测程序
（1）miRanda 2010 Release (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do)
（2）RNAhybrid-2.1.2 (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/)
2、circRNAs的输入
circRNAs的输入有以下两种方法：
（1）在①处输入circBase数据库circRNA的编号。程序会根据输入的circRNA编号自动调用序列，对检索不到的circRNA会用红字标出（如图1所示）。
（2）将circRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件（图2），点击②处按钮浏览并选择Fasta格式的文件。需要注意的是“>”后面的circRNA名称不能超过50个字符，否则结果会不准确。
图2
3、miRNAs的输入
miRNAs的输入有以下三种方法：
（1）③处下拉框列出了miRbase Release 21中所有的成熟miRNAs名称（共2588条成熟miRNAs），您可以只选择其中一个miRNA或通过选择“ALL”来选择所有的miRNAs。
（2）在④处输入miRNAs编号。程序会根据输入的miRNAs编号自动调用序列，对检索不到的miRNAs会用红字标出（如图1所示）。
（3）将miRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件，点击⑤的按钮浏览并选择Fasta格式的文件。与circRNAs一样，“>”后面的miRNAs名称不能超过50个字符，否则结果会不准确。
4、运行程序
完成上述步骤，点击按钮“GO”，程序会逐步完成序列调用、预测、数据读取、结果导出和图形化显示。视输入的circRNAs和miRNAs数量的不同，预测时间也会有较大差异，circRNAs数量与miRNAs数量的乘积最好不要超过1万，否则会运行较长时间
程序运行结束后，会自动打开写入了结果的Excel表格，您可以“另存”或直接关闭然后在程序根目录中找名为“miRanda_RNAhybrid+时间数字.xlsx” Excel。Excel表中的数据是miRanda和RNAhybrid 两软件的交集。当miRNA与circRNA的结合位点位于circRNA剪切点时，软件会用红色字体标注该预测结果（图3）。
图3
5、图形化显示circRNA结合的miRNAs
程序运行结束后，⑥处会图形化显示circRNA结合的miRNAs，您可以通过⑥下拉框更改图形显示的参数（图1）。
下载地址： http://www.bioinf.com.cn/
