利用gdc-client工具下载TCGA数据
dachong99 +8 丁当一、下载manifest文件
在TCGA网站选好数据，后点击manifest下载文件。
注意：Cart文件夹大于50M时，只能通过Data Transfer Tool工具进行下载，否则下载的数据很有很可能不全或下载失败。
二、下载工具及环境准备
1、打开工具下载网站：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool。按照电脑系统下载相应的工具，我们以win10为例说明。
2、将下载好的gdc-client工具（解压）和manfiest文件放在同一个文件夹下，方便整理。
注意：把该工具解压到下面这个文件夹，根据图标，说明这个软件是用Python写的，然后使用Pyinstaller打包的。因此该软件不能解压到含有中文名的文件夹下，否则会报错，不能使用！！！
3、win+R调出命令窗口，输入"cmd”确定。
输入：程序安装路径 -h
提示程序正常运行。
4、把gdc-client加入环境变量
我还没把这个软件加入环境变量，所以我是用他就要加入其所在的路径，如果以后想在任何一个路劲简单使用gdc-client这个命令，那就需要把这个软件的路径加到环境变量。就是在Path加入刚刚软件所在的路径即可”。具体操作如下：打开电脑控制面板——系统和安全——系统——高级系统设置——环境变量——Path双击——在下面空白栏加入程序所在路径，然后应用保存。
现在只要简单输入gdc-client -h 这个命令就可以了。
如果这里不加入环境变量的话，后面下载数据需要在gdc-client前面加上文件路径！
比如：C:\Users\***>E:\Rsudio_workstation\TCGA\GDC\gdc-client.exe download -m E:\Rsudio_workstation\TCGA\GDC\gdc_manifest_clin.2021-07-26.txt
5、使用gdc-client下载TCGA数据
gdc-client download -m D:\Tool\gdc-client_v1.4.0_Windows_x64\gdc_manifest.2019-10-02.txt
在以上代码中注意加上蓝色部分manifest文件的路径，否则会报错。
这样等数据下载完就可以了。
6、整理下载好的数据
下载好的数据在上述代码起始的文件夹下，本例数据在c:\Users\axer路径下。
找到后将数据整理到一个新建的文件夹clinical进行下一步分析处理。
下面，利用R语言将下载好的数据进行提取和合并。
