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论坛首页  >  计算机与医学、生物学软件
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手把手教你使用Imagepro-plus(3.AOI技巧续) [精华]

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楼主 hbchendl
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这个帖子发布于15年零309天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请首先看此系列主题的第一帖:
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=3554359&sty=1&tpg=1&age=0

在上一主题中讨论 的主要是irregular工具,(http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=3560052&sty=1&tpg=1&age=0)它对于大个的孤立图形对象的选取是有用的。而面对组织切片中密密麻麻的细胞,就得用本主题讨论的segmentation工具了。
实际上,在第一部分入门中所用的就是segmentation工具,在那里我用颜色吸管选取了图片中蓝色的细胞核,但是如果仔细观察一下选取的效果就会发现,有一些挨在一起的两个以上的细胞核被识别成了一个,另有一些蓝色的杂质颗粒被错误地识别成了细胞核。
如果你试着用吸管工具选取一下图中黄色的免疫反应表达区域,就会发现因为黄色很浅,很不容易准确地选取。
所以对于segmentation工具还需要有更多的应用技巧。火锅在我之前已经介绍了不少,我在这里班门弄斧是为了保持我这个系列主题的内容完整。同时也是系统地整理一下这个工具的使用方法。

让我们还是从打开图片并调出count/size窗口开始吧。
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2005-06-10 14:55 浏览 : 41461 回复 : 105
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hbchendl 编辑于 2005-06-12 18:42
  • • 2021【妇产科】中级考试集结地,欢迎讨论你的考后感受!
楼主 hbchendl
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  • 2楼
对这种色彩饱和度低,各种成分颜色区别很小的图片来说,用吸管是很难准确选择到正确的颜色区域的。
在count/size窗口里选中manual,并点select color调出segmentation窗口。窗口里有两个表单,一个是color cube based,另一个是histogram based。如果你测量的对象颜色单一,色彩对比大,则使用color cube based中的吸管就可以方便地选择到需测量的区域。而对于那些有颜色深浅及亮度不同的测量区域,我们要选取后者,并且使用HSI颜色格式来进行分色选择。当切换到HSI时,会弹出一个窗口提示你会reset颜色选择,是否继续?当然是OK啦。这时的颜色选择全部重置为0-255。
在HSI颜色格式中,H为色调,就是我们眼睛所看到的红橙黄绿青蓝紫等。S为色饱和度,I为强度。在选择AOI时,首先保持S、I为最大范围,从H中选择黄色部分。使用这个颜色格式的好处是,选择的颜色能包括这种颜色的不同深浅及亮度。最适合于测量免疫组化图片。
点一下H,直方图显示就是图片各象素H值的分布,在直方图的两边各有一根线,这就是选择线,先将右边的线用鼠标左键向里面拉,拉一点停一下看看效果,可以看到最开始时是选中了全部画面,然后是蓝色的区域慢慢显露出来,并且越显越多,选择线的位置也在下面的窗口中有显示,是0-255之间的数,共有两个窗口,左边是取值下限,右边是取值上限,先不断减小上限值使得非黄色区域不断地显露出来,再不断增加下限值让另一部分非黄色的区域也显露出来。
这张照片中黄色区域为H:0-33。
色饱和度S与强度I都直接设为0-255。这就是说,只要是黄色,就被认为是阳性表达的区域。
2005-06-10 15:27
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hbchendl 编辑于 2007-03-07 20:56
  • • 今年主治医师考试过于简单!!!
楼主 hbchendl
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选好了颜色范围,点close关闭segmentation窗口,回到count/size窗口,点measure的select measurement ,选中area, density(mean),IOD。坏事了,这个窗口的measure按纽是灰色的,不能用。回到count/size窗口,按count纽,也一样不好用!!!或者点count后计算的区域根本就不是刚才选取的正确区域。

这是使用HSI选色时最常犯的错误:只是操作顺序不对。正确的操作顺序是:
先打开select measurement,选择好各个测量项目,再回到count/size中点select color进行颜色选取,再回到count/size窗口中点count计数。
这样操作结束后仔细观察一下计算的区域,正是刚才正确选取的区域了。
2005-06-10 18:57
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这样选取的区域还是有一点不准确。图片中被选中的区域有许多很小的选点,显然这是各种杂质,并不是成片的蛋白表达区域。对这些杂质小点有一个有效的方法来去除,就是测量过滤。(filter)
打开select measurement窗口,点一下中间被选中测量项目中的area项,使其加亮。这时下面的start与end选项就变黑可调了。对area来说,默认值一般是0,意思是不管区域有多小,都被计入测量范围内。现在我们把它改为50,也就是说,忽略了象素点小于50的杂质点,不予计算在内。
改完后点一下旁边的Filter按纽,再点measure按纽。或者回到count/size窗口内把Apply Filter Ranges in Range前面的选项给勾上,再点count按纽。这回就把小杂质点全给过滤掉了。
2005-06-10 19:14
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