发帖
每发1个新帖
可以获得0.5个丁当奖励
回帖

手把手教你使用Imagepro-plus(3.AOI技巧续) [精华]

只看楼主
页码直达：
直达末页

楼主

hbchendl

其他

丁香园准中级站友

+2 积分
1楼

这个帖子发布于14年零185天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

请首先看此系列主题的第一帖:
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=3554359&sty=1&tpg=1&age=0

在上一主题中讨论的主要是irregular工具，(http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=3560052&sty=1&tpg=1&age=0)它对于大个的孤立图形对象的选取是有用的。而面对组织切片中密密麻麻的细胞，就得用本主题讨论的segmentation工具了。
实际上，在第一部分入门中所用的就是segmentation工具，在那里我用颜色吸管选取了图片中蓝色的细胞核，但是如果仔细观察一下选取的效果就会发现，有一些挨在一起的两个以上的细胞核被识别成了一个，另有一些蓝色的杂质颗粒被错误地识别成了细胞核。
如果你试着用吸管工具选取一下图中黄色的免疫反应表达区域，就会发现因为黄色很浅，很不容易准确地选取。
所以对于segmentation工具还需要有更多的应用技巧。火锅在我之前已经介绍了不少，我在这里班门弄斧是为了保持我这个系列主题的内容完整。同时也是系统地整理一下这个工具的使用方法。

让我们还是从打开图片并调出count/size窗口开始吧。

邀请讨论

搜索

2005-06-10 14:55 浏览 : 37768 回复 : 104

投票 6
收藏 128
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

hbchendl 编辑于 2005-06-12 18:42

• 良恶性肺结节如何区分？看这一篇就够了！

收起全部有料回复

楼主

hbchendl

其他

丁香园准中级站友

热

4楼

这样选取的区域还是有一点不准确。图片中被选中的区域有许多很小的选点，显然这是各种杂质，并不是成片的蛋白表达区域。对这些杂质小点有一个有效的方法来去除，就是测量过滤。(filter)
打开select measurement窗口，点一下中间被选中测量项目中的area项，使其加亮。这时下面的start与end选项就变黑可调了。对area来说，默认值一般是0，意思是不管区域有多小，都被计入测量范围内。现在我们把它改为50，也就是说，忽略了象素点小于50的杂质点，不予计算在内。
改完后点一下旁边的Filter按纽，再点measure按纽。或者回到count/size窗口内把Apply Filter Ranges in Range前面的选项给勾上，再点count按纽。这回就把小杂质点全给过滤掉了。

2005-06-10 19:14

投票 4
收藏 6
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

• 丁香晚间病例-肝素 + 华法林一个月后患者死亡，医院赔偿32万

楼主

hbchendl

其他

丁香园准中级站友

+1 积分
2楼

对这种色彩饱和度低，各种成分颜色区别很小的图片来说，用吸管是很难准确选择到正确的颜色区域的。
在count/size窗口里选中manual，并点select color调出segmentation窗口。窗口里有两个表单，一个是color cube based，另一个是histogram based。如果你测量的对象颜色单一，色彩对比大，则使用color cube based中的吸管就可以方便地选择到需测量的区域。而对于那些有颜色深浅及亮度不同的测量区域，我们要选取后者，并且使用HSI颜色格式来进行分色选择。当切换到HSI时，会弹出一个窗口提示你会reset颜色选择，是否继续?当然是OK啦。这时的颜色选择全部重置为0-255。
在HSI颜色格式中，H为色调，就是我们眼睛所看到的红橙黄绿青蓝紫等。S为色饱和度，I为强度。在选择AOI时，首先保持S、I为最大范围，从H中选择黄色部分。使用这个颜色格式的好处是，选择的颜色能包括这种颜色的不同深浅及亮度。最适合于测量免疫组化图片。
点一下H，直方图显示就是图片各象素H值的分布，在直方图的两边各有一根线，这就是选择线，先将右边的线用鼠标左键向里面拉，拉一点停一下看看效果，可以看到最开始时是选中了全部画面，然后是蓝色的区域慢慢显露出来，并且越显越多，选择线的位置也在下面的窗口中有显示，是0-255之间的数，共有两个窗口，左边是取值下限，右边是取值上限，先不断减小上限值使得非黄色区域不断地显露出来，再不断增加下限值让另一部分非黄色的区域也显露出来。
这张照片中黄色区域为H:0-33。
色饱和度S与强度I都直接设为0-255。这就是说，只要是黄色，就被认为是阳性表达的区域。

2005-06-10 15:27

投票 2
收藏 5
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

hbchendl 编辑于 2007-03-07 20:56

• 良恶性肺结节如何区分？看这一篇就够了！

楼主

hbchendl

其他

丁香园准中级站友

热

3楼

选好了颜色范围，点close关闭segmentation窗口，回到count/size窗口，点measure的select measurement ，选中area, density(mean),IOD。坏事了，这个窗口的measure按纽是灰色的，不能用。回到count/size窗口，按count纽，也一样不好用!!!或者点count后计算的区域根本就不是刚才选取的正确区域。

这是使用HSI选色时最常犯的错误:只是操作顺序不对。正确的操作顺序是:
先打开select measurement，选择好各个测量项目，再回到count/size中点select color进行颜色选取，再回到count/size窗口中点count计数。
这样操作结束后仔细观察一下计算的区域，正是刚才正确选取的区域了。

2005-06-10 18:57

投票 2
收藏 8
打赏
引用
分享
- 微信扫一扫
- 新浪微博
- 丁香客
- 复制网址
举报
- 广告宣传推广
- 政治敏感、违法虚假信息
- 恶意灌水、重复发帖
- 违规侵权、站友争执
- 附件异常、链接失效
- 其他

• 丁香早知道 - 12.6 | 没考研的“差生”同学年薪百万，而我还为生存挣扎

计算机

手把手教你使用Imagepro-plus(3.AOI技巧续) [精华]

提示

丁香园旗下网站

关于丁香园

官方链接

计算机

分享到：

微信扫一扫

手把手教你使用Imagepro-plus(3.AOI技巧续) [精华]

微信扫一扫

微信扫一扫

微信扫一扫

微信扫一扫

提示

丁香园旗下网站

关于丁香园

官方链接