如果你博士科研还一筹莫展、毫无头绪，又对ncRNA(miRNA、lncRNA、circRNA)感兴趣，不妨来看看

如果你博士科研还一筹莫展、毫无头绪，又对ncRNA感兴趣，不妨来看看

关于ncRNA，当然经典的肯定是miRNA，而lncRNA虽然红了几年，但是至今没有发现什么真正有用的，而且最近有专家已经在Circulation: Cardiovascular Genetics发表述评表示疑问，并提出“However, in the absence of at least coexpression data on lncRNAs and mRNAs under specific conditions of interest, such attempts at deriving
functional insights risk merely talking about, as the Walrus nonsensically does, “why the sea is boiling hot—and whether pigs have wings.””；而这circRNA，是这两年的新宠，文章量和基金量在一直飙升。

关于miRNA、lncRNA、circRNA的研究，基本脱离不了以下几步：

1、初步小样本测序或者芯片或者panel，这个筛选，当然，一般还会伴随mRNA的差异筛选

2、大样本PCR验证

3、功能研究（细胞和动物模型）

第一步，基本就是文章的基础，也是烧钱阶段；而这一步一般还需要生物信息学技术支持，尤其是Gene Ontology和KEGG，已经其他各种预测软件等，如mirbase，circbase，lncRbase，starbase等，这些软件，前前后后估计差不多上百个了，不需要会太多，搞懂一两个基本就可以了；还有个软件Cytoscape，这个功能强大，学会了不得了。这是第一步，也是很多文章中占据不小篇幅的一步，也是很多人看文章可能最头疼的一步；不过，多看几篇，基本就懂了；这一步单纯发文章的也有，早年的时候分还不低；

第二步，大样本PCR验证，这个基本就是现在好多实验的终点，基本很多都是在这一步后就发文章了；很多就是发现一个ncRNA可以作为biomarker或者差异表达，基本都是5分以下文章；

第三部，这个其实就是看文章上不上台阶的一步，5分以上的，这一步才是关键。基本都先是靶基因预测和验证，然后看是否有增殖、凋亡、再生和调控某些信号通路之类，然后进行转基因验证。这一步也是烧钱地方，也是技术含量最高的地方，一系列基本实验：WB/IHC/PCR/IF/转染等全是在这里烧钱和花时间，各种mimic、inhibitor和转基因小鼠。但是这一系列下来，文章水平自然不差。

当然，现在ncRNA已经遍及世界各个角落，像上面这几步骤做发文章也不容易了，所以需要组合拳。

最近见得比较厉害也比较省时间的就是下面几种：

1、circRNA测序or芯片，circRNA毕竟还比较新，靠这个发文章这两年不少；

2、circRNA测序or芯片加上简单功能验证，加上增殖、凋亡等功能，现在的主要方向；

3、circRNA测序or芯片加上mRNA差异表达；

4、circRNA or lncRNA测序or芯片，然后找出其互相作用的miRNA，从miRNA方面进行功能解释和验证；

5、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片，进行组合测序，筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA，然后进行生物信息学分析，筛选Gene Ontology和KEGG功能和信号通路；or进行靶基因预测和验证；还有对筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA进行可能结合miRNA，从miRNA方面进行功能解释和验证，毕竟miRNA功能验证已经成熟和经典，而且存在sponge这个东西，可以互相作用；

6、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片再加miRNA测序or芯片再再加mRNA差异表达筛选，这是最厉害的吧（当然，这一步也会让各种公司获取利益，盆满钵满），基本能搞的都搞了，靠这样，发了5、6分SCI的最近不少，文章中就是大量的图···

这样说可能比较含糊，来几个案例：

1 单独ncRNA和功能研究，miRNA的很多了，来一个circRNA的

与miRNA一个套路，先芯片，然后筛选差异表达，然后简单功能验证

Circular RNA has_circ_0067934 is upregulated in esophageal squamous cell carcinoma and promoted proliferation. Xia, W.; Qiu, M.; Chen, R. (...). Scientific Reports, 2016, 6, 35576.

2、circRNA or lncRNA测序or芯片，然后找出其互相作用的miRNA，从miRNA方面进行功能解释和验证

A circular RNA protects the heart from pathological hypertrophy and heart failure by targeting miR-223.  Wang, K.; Long, B.; Liu, F. (...).  European Heart Journal, 2016, v713

3、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片，进行组合测序，筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA，然后进行生物信息学分析，筛选Gene Ontology和KEGG功能和信号通路；

Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma. Huang, M.; Zhong, Z.; Lv, M. (...). Oncotarget, 2016

第一步：筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA

第二步：简单验证

第三步：Gene Ontology和KEGG、调控网络构建

4、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片再加miRNA测序or芯片再再加mRNA差异表达筛选

Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Dou, C.; Cao, Z.; Yang, B. (...). Scientific Reports, 2016, 6, 21499

第一步：筛选差异表达circRNA、lncRNA、miRNA和mRNA

第二步：Gene Ontology和KEGG、调控网络构建

当然，这个只是很简单一个套路，仅供参考。