• 论坛首页
  • 我的丁香客
  • 精品栏目
    微话题
    微访谈
    病例挑战
  • 找人
    查找好友
    认证专家
    专家主页
    机构主页
    可能感兴趣
  • 随便看看
  • 更多
    丁香园
    丁香通
    丁香人才
    丁香会议
    丁香搜索
    丁香医生
    丁香无线
    丁香导航
    丁当铺
    文献求助
    医药数据库
    丁香诊所
    来问医生
登录 注册

生物信息

关注今日：0 | 主题：131389
论坛首页  >  生物信息学讨论版   >  精准医学版
  • 发帖
    每发1个新帖
    可以获得0.5个丁当奖励
  • 回帖

分享到：

  • 微信

    微信扫一扫

  • 微博
  • 丁香客
  • 复制网址

求助：如何使用DAVID分析miRNA中的富集通路？

  • 只看楼主
  • 页码直达：
  • 直达末页
楼主 两块一碗内牛满面
两块一碗内牛满面
中医心内科
常驻站友

  • 5
    积分
  • 56
    得票
  • 271
    丁当
  • 1楼
这个帖子发布于4年零297天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:5
各位前辈，之前我使用过DAVID分析mRNA的GO和KEGG，但是现在想分析一列miRNA的富集通路，但是放进去后说无法识别。
我选的是official gene symbol，难道是要选别的？miRNA的格式是miR-199a-5p，这样有问题吗？
没钱也没条件用IPA，还有别的网站或者软件可以替代的吗？有人提到GSEA，这个软件可以分析miRNA吗？
  • 邀请讨论

    • 不知道邀请谁？试试他们

    换一换
2015-03-31 21:05 浏览 : 13138 回复 : 20
  • 投票 2
  • 收藏 16
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 医学英语考博分享

收起全部有料回复

老宫
老宫
科室保密

丁香园VIP站友

  • 100
    积分
  • 184
    得票
  • 1309
    丁当
  • +2 积分
    • 热
  • 8楼
关于文献：
我对于文献的态度，不可不信，也不可全信。很多文献都是水文，包括我自己的。为了养家糊口罢了。也不一定IF高的文献就好，不过好文献的比例高些。
关于生物信息学：
我不认为这学科本身就能通过分析分析高通量数据，整合一堆的数据库，各种挖掘，就能找到真东西。所谓富集分析，我自己也用，但是又对它嗤之以鼻。所谓富集分析，大概只能帮助我们直观的了解一些已经知道了的东西，给个方向性的引导。而且这个方向性又是非常具有研究偏好的。一个题目，研究的人越多，积累的知识越多，然后把这些知识放在数据库中，你做富集分析其实就是看到前人的研究方向。所以，生物信息学是帮你找路的手段，而不应该把他当作定性的工具。
关于生物复杂性：
大多数生物学问题是复杂的，又是简单的。大概一个突变就能导致疾病，然后就蝴蝶翅膀扇呀扇，等到症状出现的时候，什么免疫调控啊，生长凋亡啊，早都发生的一塌糊涂了。所以到我们手里的生物样本都是复杂的。microRNA也是一样，因为太短，又不知道真正的靶基因；就算知道，细胞内的环境错综复杂，不是简单的靶向调控下游mRNA就完了的。microRNA具有众多靶基因，几百上千个，这些靶基因难度就都是一个功能的？那也太冗余了，不符合生物的简约性原则。况且，这些靶基因和microRNA的表达还具有时空性，还有转录因子参与，还有转录后修饰。我最近读文献，circRNA还能作为microRNA海绵，把他们吸收释放。从靶基因的角度，也不是只受到一个microRNA调控，仅仅3'UTR就有众多调控位点，而这些位点有的属于同一个microRNA但是结合稳定性不同，有的是不同microRNA的位点。况且，在体内环境中这些位点是否暴露也未可知。再说，又有研究报道，microRNA还可以结合到5'UTR甚至是coding region，调控的方向也并不是一味的抑制，有的是增强。
综上，我觉得我这辈子是没希望了，想法太Negative了。我就混吃等死了。祖国的未来就靠你们了。
2015-04-16 00:22
  • 投票 9
  • 收藏 8
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 熊猫医森污科普四十九期：晨起一泡尿，一眼辨健康。
老宫
老宫
科室保密

丁香园VIP站友

  • 100
    积分
  • 184
    得票
  • 1309
    丁当
  • +1 积分
  • 6楼
miRNA的靶基因有2种来源，一类是通过实验做出来的，可以从miRTarBase和TarBase获得，这类数据库是通过整理发表文献而来，显然具有研究偏好和不够完备的缺点。另一类是通过算法预测的，这样的数据库和算法有很多，比如TargetScan, miranda, PicTar等等。一般估计，一个miRNA会有几百个靶基因，而算法预测的靶基因多达上千个（根据不同算法而异），这就意味着靶基因预测数据库具有很高的假阳性率。也有人建议整合多个靶基因预测数据库会显著降低假阳性率，整合数据库如mirDIP等。然而，无论使用实验证实的靶基因，还是预测的靶基因，由于每一个miRNA的靶基因数量都较大，且假阳性，假阴性率都很高，所以做功能富集分析如GO和KEGG等，很难得到漂亮的结论。另外，miRNA靶向调节生物学功能模块这一假设也未必成立。
2015-04-10 04:50
  • 投票 3
  • 收藏 6
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 武汉肺炎全国两天确诊 139 例，北京和广东也有，春节如何安全回家？
卡戎3521
卡戎3521
铁杆站友

  • 24
    积分
  • 793
    得票
  • 991
    丁当
  • +1 积分
  • 2楼
满意答案
看过别人的论文，好像是先通过miRNA数据库找到下游的靶基因，然后对靶基因做通路分析。
2015-04-03 10:29
  • 投票
  • 收藏 1
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 丁香晚间病例-华山专家独家解读WHO2019新型冠状病毒指南

关闭提示

需要2个丁当

丁香园旗下网站

  • 丁香园
  • 用药助手
  • 丁香通
  • 文献求助
  • 丁香人才
  • 丁香医生
  • 丁香导航
  • 丁香会议
  • 手机丁香园
  • 医药数据库

关于丁香园

  • 关于我们
  • 丁香园标志
  • 友情链接
  • 联系我们
  • 加盟丁香园
  • 版权声明
  • 资格证书

官方链接

  • 丁香志
  • 丁香园新浪微博
引用回复