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GEO数据库处理中的一些问题

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楼主 duziteng
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这个帖子发布于9年零333天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
近来用GEO中的数据，发现有些问题是要处理的：

1.首先要把探针强度和GPL 文件中的gene symbol或者mirna name对应起来
2.有些数据是没有做log2的，得自己做log2
3.像mirna array，一般都有不少缺失值NA，如果缺失的样本数超过了总样本数量的一半，就将这个mirna去掉。
4.GEO中数据好像是没有去重复的，所以还要把重复探针取平均值合并起来

请高手看看有什么遗漏的，或者需要补充的。
另外还有两个问题，我怎么判断数据有没有做过normalization 和log2

series_matrix中的数据都做过normalization？
探针强度在15及以下的，都是做过log2的？还是也有可能没做过？
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2010-01-14 04:56 浏览 : 4095 回复 : 10
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duziteng 编辑于 2010-01-14 06:04
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meeter
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回子疼兄：

你总结的很到位。芯片是否做过normalization可以参考Series_Matrix里的文本信息，没有的话再去找对应的文献。根据我的一些经验，一般Affy的芯片都是做过Normalization的。log2更简单，上千上万的肯定没做，有负数的肯定做过，自己多看几眼就有数了。
2010-01-15 15:44
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楼主 duziteng
duziteng
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meeter
回子疼兄：

你总结的很到位。芯片是否做过normalization可以参考Series_Matrix里的文本信息，没有的话再去找对应的文献。根据我的一些经验，一般Affy的芯片都是做过Normalization的。log2更简单，上千上万的肯定没做，有负数的肯定做过，自己多看几眼就有数了。

Thanks very much
2010-01-16 00:36
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hbcobo
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duziteng
近来用GEO中的数据，发现有些问题是要处理的：
1.首先要把探针强度和GPL 文件中的gene symbol或者mirna name对应起来
2.有些数据是没有做log2的，得自己做log2
3.像mirna array，一般都有不少缺失值NA，如果缺失的样本数超过了总样本数量的一半，就将这个mirna去掉。
4.GEO中数据好像是没有去重复的，所以还要把重复探针取平均值合并起来
请高手看看有什么遗漏的，或者需要补充的。
另外还有两个问题，我怎么判断数据有没有做过normalization 和log2
series_matrix中的数据都做过normalization？
探针强度在15及以下的，都是做过log2的？还是也有可能没做过？
Ziteng兄，log2过的数据，如何使用呢？可以直接处理/对照=表达倍数吗？请指教。谢谢！！
2013-12-09 15:58
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