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RNAhybrid预测到的mfe（minimum free energy）越大好还是越小好？

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楼主 chenke520520520
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这个帖子发布于7年零277天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
各位战友：我用RNAhybrid软件预测microRNA的靶基因的minimum free energy结果，是越大越好，还是越小越好？请问各位，这段microRNA与靶基因预测结果还可以不？
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2013-01-18 23:13 浏览 : 14655 回复 : 18
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chenke520520520 编辑于 2013-01-18 23:32
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MFE用来表征miRNA与其靶点mRNA结合的程度，负值的绝对值越大，则结合越紧密，结构越稳定。

RNAhybrid算是第一代miRNA target预测工具，单纯根据MFE来预测靶点的准确性很低，目前已经很少被单独使用了。单就你这里给出的结果来分析，该mRNA是真靶点的可能性非常低。
2013-01-19 04:26
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楼主 chenke520520520
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非常感谢starrweb战友，本人对这块的东西不是太懂，请问为什么可能性非常低呢？真伤心啊！请您不吝赐教！
2013-01-19 13:18
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满意答案
miRNA对其靶点的识别和结合有一定的规律可循，这也是当前主要靶点预测算法的根据所在，推荐两篇文献供你参考，希望有所帮助：

1：Principles of MicroRNA–Target Recognition
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15723116

2：Computational Analysis of miRNA Target Identification
http://www.ingentaconnect.com/content/ben/cbio/2012/00000007/00000004/art00018
2013-01-19 23:18
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