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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  医学遗传学
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【求助】新手上路：有关SNP统计学处理

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楼主 xuyanghangtian
xuyanghangtian
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  • 1楼
这个帖子发布于9年零283天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
1.不符合H-W平衡定律的位点，进一步应如何做统计分析？

2.文献中给出的相同的rs编号，有的文献给出的等位基因是G>A，有的文献中是C>T，自己从SNP库中找到的C>T等位基因，不知各位大虾有没有碰到这种情况，如何解释？

3.文献中报道关于SNP数据处理方面，提到Additive、Dominant、Recessive三种模型，如何解释，遇到3等位基因，只用到Additive这一种模型，不知如何解释？

谢谢！
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2010-05-21 01:58 浏览 : 7241 回复 : 20
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liyi3344520
liyi3344520
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  • 2楼
1)看这个帖子
http://genetics.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=16190507&sty=1&tpg=1&age=0
2）常见问题，互补列
3）先介绍个相对好理解的
广义线性（sas中glm）模型：
phe=mean+fix*x1+snp*x2+error.............(1)

如果是加性模型,
假设纯合子AA，BB，杂合子为AB，其marker score为：
AA 1
AB 0
BB -1
将其代入公式（1）中，
注意先简单说snp是固定效应！
2010-05-21 10:58
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楼主 xuyanghangtian
xuyanghangtian
入门站友

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  • 3楼
谢谢版主对上述问题的解答。
看过相关链接的帖子后，又遇到一些新的问题
1.H-W平衡检验的目的，有以下几种意见：
1）代表你所选择的人群是否符合遗传平衡状态
2）实验所抽样的样本能不能代表真正的所在地区的人群分布
3）检验样本的采集是不是随机的（如果不符合H-W平衡定律则说明样本的随机性不够或数目2采集不足）
我应该如何理解这个问题会更好些呢？
2.病例-对照研究中，如果对照组不符合H-W平衡定律，可能的原因有哪些？下一步我们应如何处理？
如果对照组符合而病例组不符合H-W平衡定律，是否下一步可直接做统计分析？
3.版主对第3个问题的解释我还是没有弄明白，麻烦您再帮我解释一下吧（附图1）
4.计算出的基因型的理论频数<5，建议应用Fish exact test，这个如何用软件实现？
谢谢各位大侠给予指导。
2010-05-21 18:42
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liyi3344520 编辑于 2010-05-21 19:09
  • • 疫情日报 | 2月20日 一图读懂钻石公主号上的31天
liyi3344520
liyi3344520
丁香园准中级站友

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  • 4楼
2）建议增大群体！
3）这个是logistic regression
你看一下普通的关于logistic regression统计书，

加性model把marker score改为
CC -1
CT 0
TT 1

显性model把marker score改为
CC 0
CT 1
TT 0

隐性model把marker score改为
CC 1
CT 0
TT 0

就可以了
2010-05-21 19:14
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liyi3344520 编辑于 2010-05-21 19:16
  • • 丁香晚间病例-双肺全白，通宵抢救！我的病人，生命现在以小时计

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